日粮变化是影响家禽肠道微生物的常见因素，除了日粮营养物质以外，许多非营养性添加剂，如抗生素、益生素、益生元、酸化剂、矿物质是影响家禽胃肠道微生物区系的五大因素。
一、抗生素
抗生素原称抗菌素，由微生物产生，在低浓度下具有抑制或杀死其它微生物的化学物质。向饲料中添加抗生素，当一定浓度（达到有效的药物抑菌浓度）的抗生素在肠道内存在，肠道内的细菌总数保持在合理的、可以被接受的范围内，因此肠道内的营养流失就少，肠道内的异常发酵发生率低，从而饲料效率得到提高，动物健康状况也就得到了保证。解释抗生素对动物生产性能的有益效应的主要前提是：①抑制或降低临床症状不明显的感染；②调节或减少微生物毒素产物；③减少动物和微生物对营养的竞争；④小肠绒毛的稀细加强营养素的吸收。但是抗生素的使用存在严重的残留问题，抗生素滥用会导致有害菌定殖增加，并产生耐药性。因此在饲料中长期添加低剂量的抗生素作为微生物区系调节剂已经不再受到欢迎。在欧洲，许多抗生素已经禁止在动物饲料中使用，所以需要寻求抗生素的替代品来调节微生物区系和维持动物肠道健康。
二、益生素
益生素有助于胃肠道正常栖居菌的生长和定居，直接或间接影响其他微生物种群。人们对益生素已经研究多年，近来的研究主要集中于益生素对生长雏鸡的功效，但是实验结果却变化很大。这种差异有可能是由所选择的益生素的菌种不同和动物的饲养条件不同造成的。作为益生素的细菌必须满足以下几个条件：①对宿主动物有益，没有致病性，不产生毒素和诱变作用；②细菌必须能在胃酸里存活，且有抗胆汁酸的能力，然后定居在小肠内；③容易繁殖，在饲料加工和保存中不易失活。很多益生素看上去对家禽的生产还是很有效的。乳酸细菌（LAB）是鸡肠内微生物菌丛的主要代表，盲肠内容物中可达个菌落形成单位/g（培养法测得），实现益生素菌种的第一功能（胃肠道的正常栖居菌）。乳酸细菌菌株直接或间接影响其他微生物种群，能减少其他细菌在肠道内的定居，如大肠杆菌、梭状芽胞杆菌和沙门氏菌。通过调节微生物系统，能显着减少有害细菌的致病菌株。乳酸细菌和其他益生菌还能增强饲料的安全性。在家禽上研究都表明，益生素的添加会对沙门氏菌产生显著影响。乳杆菌也能影响微生物群体，在长期饲养过程中，能减少盲肠内氨的量，增加短链脂肪酸的产生。同样地，在鸡生产上利用乳杆菌来促进特定细菌的生长，可以防止沙门氏菌在盲肠内的定居。张春扬等（）研究发现，用产蛋白酶的益生菌制成益生菌剂饲喂肉鸡时，能明显提高增重，显着降低料肉比，因为益生菌在肉鸡消化道内生长繁殖、代谢过程中能够分泌大量的蛋白酶，促进饲料中蛋白质成分的降解和利用，提高了饲料的消化利用率。
三、益生元
益生元作为支持某一微生物种群而被广泛应用。最基本的益生元为碳水化合物，但定义并不排除被用作益生元的非碳水化合物物质。理论上来讲，任何可以减少现在有害菌种而有益于促进健康的菌种或活动的抗生素都可以叫做益生元。即：能增加有益菌或增加碳水化合物代谢的都可称为益生元。益生元一般应符合下列条件：①在消化道上部不能被消化酶消化；②能刺激定植于肠道的一种或几种有益菌的生长或活化及其代谢；③使肠道菌群向有利于宿主健康的方向转化；④能诱导有利于宿主健康的肠道局部免疫或全身免疫反应。常见的益生元有：低聚果糖、大豆低聚糖、异麦芽低聚糖、低聚乳果糖、低聚半乳糖、低聚甘露糖、低聚龙胆糖、低聚木糖等。益生元能调节肠道内的细菌群体，从而影响动物营养。非消化性碳水化合物的生理效应包括代谢物的增加、短链脂肪酸产物的增加、细菌种群的变更、血清化学性质的改变（如胆固醇和三酰基甘油的减少）。研究表明，益生元（包括菊糖和寡聚果糖）具有显着效应，能增加下部分肠道内的双歧杆菌数，促进细菌产生能被动物利用的短链脂肪酸。占秀安等（）在肉鸡饲粮中添加mg/kg果寡糖后，发现盲肠中双歧杆菌和总厌氧菌数分别增加了.65%和%，梭状芽孢杆菌数下降了79.36%，使盲肠中乳酸杆菌数增加了67.97%，大肠杆菌数下降了71.35%，盲肠中丙酸含量提高了73.22%，短链脂肪酸含量增加了58.31%。果寡糖作为双歧杆菌和乳酸杆菌的特异性营养机质，能促进单胃动物肠道内有益微生物菌群的形成，增加动物机体对外源性病原菌的低抗作用。易中华等（）在饲粮中添加果寡糖和枯草芽孢杆菌，研究发现果寡糖对肉鸡盲肠大肠杆菌和总需氧菌的抑制作用在3周龄以前并不明显，而在肉鸡生长后期才表现出来，可能是由于果寡糖对宿主消化道微生物区系的调控需要一定的时间。益生元与其他促生长物质如抗生素和益生素相比有着不可替代的优点，它无药残，细菌不会产生抗性，无污染、耐高温、性质稳定、加工储运过程中损失少，是一种天然的食品添加剂。
四、酸化剂
酸化剂主要用于降低家禽胃肠道内容物的pH值，使其维持相对稳定，同时通过破坏革兰氏阴性菌的细胞壁的作用，进而改善消化道内酶的活性，降低病原微生物感染，提高营养物质消化率等作用。在日粮中添加酸化剂可以改善胃肠道微生物区系，促进有益菌生长，抑制或杀灭有害菌。谢欣梅等（）在日粮中添加0.5%的延胡索酸和柠檬酸，发现21日龄肉仔鸡回肠中大肠杆菌数量比对照组分别下降了15.72%和10.99%，乳酸杆菌数量分别增加了15.25%和7.28%，抑制鸡肠道中大肠杆菌的增殖，同时促进乳酸杆菌的增殖，改善了肉仔鸡消化道微生物区系的平衡，提高了肉鸡的生产性能和饲料报酬，还发现延胡索酸的抑菌作用优于柠檬酸。
五、矿物质
在日粮中添加铜、锌等，可以调节胃肠道微生物区系。为了增强肠道内的抗菌特性，提高动物机体的免疫能力，单胃动物日粮中铜和锌添加的水平要比促生长的需要量来得高。铜对肠道微生物的作用机制主要是：①铜对大肠杆菌K88有很强的致死作用；②Cu2+易穿透细胞膜并进入细胞内，与细胞内蛋白质中的-SH等有机官能团结合，使蛋白质变性，从而使细菌死亡；③铜可诱导K+从细胞中释放出来；④Cu2+对细菌细胞中的一些酶和代谢路径具有抑制作用。矿物的来源不同，其效应也不同。日粮铜源在胃肠道内可溶性的铜多主要影响小肠前段的微生物区系，而可溶性铜少则影响小肠后段的微生物区系。
生物发酵饲料通过多种有益菌在特定条件下对玉米豆粕及其他副原料进行发酵，产生丰富的益生菌、有机酸等。发酵过程将原料中不可消化的非淀粉多糖分解为益生元。其中的有机酸、氨基酸等与饲料中的矿物质形成易于吸收的有机金属离子，提高矿物质的利用率。另外，发酵饲料不含有抗生素，不会产生耐药性和药残问题。可以说，生物发酵饲料是调节家禽肠道健康，促进饲料消化吸收，提高动物生产性能的首选产品。
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